今更ですが Ubuntu 12.04 で FreeNX する。

サーバ側の手順。

$ sudo add-apt-repository ppa:freenx-team/ppa
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install freenx
$ sudo vi /usr/bin/gnome-session-nx

#!/bin/bash

export LC_CTYPE=ja_JP.utf8
export XMODIFIERS=@im=ibus
export QT_IM_MODULE=ibus
export GTK_IM_MODULE=ibus
export USE_XOPENIM=t
/usr/bin/xmodmap -e 'keycode 123 = backslash underscore'
/usr/bin/ibus-daemon -d -x &
/usr/bin/gnome-session --session=$1

$ sudo chmod +x /usr/bin/gnome-session-nx

クライアントの設定。
Desktop > 「Unix」  「Custom」 > 「Settings…」

「Run the following command」で作成したコマンド”gnone-session-nx”を使う。
「gnome-session-nx ubuntu-2d」
「gnome-session-nx gnome-fallback」

Unity-2D で画面は表示されたのですが、解像度が一致していなかったため、以下のように設定。
右クリック > 壁紙の変更 > すべての設定 > ディスプレイ > 解像度