ちょっと前まで Windows サーバの方がトータルコストが低くなると Microsoft が主張していましたが、すでにオープンソースの方が低くなっていると思います。
・ブログやオンラインマニュアルで情報を収集できる
・ネットワークで質問すれば問題解決が出来る場合も多い
・同じ問題を解決した人のおかげで的確な回答を得られる場合が多い
・あるソフトウェアに問題があっても、大抵の場合は代替のソフトウェアを自由に選択できる
要するに、ネットワークにより以下が実現されている時代になっているのです。
・ユーザ同士が助けあう環境
・ソフトウェアの選択と組み合わせが自由にできる環境
現在では、運用中に本当に困ることは希で、代替えやバックアップのハードウェアに投資したほうが安上がりに感じます。
しかし、正確なシステム導入コストの計算方法なんて存在するのでしょうか？
個人的にはデスクトップは Windows、サーバは Linux と割り切った方が、お金と時間の節約になると思います。