UTF-8 なのに珍しく文字化けとなりました。
スマホの HTC Sensation 4G という機種の US 仕様で、「～」が文字化けとなるとの事です。
調べてみると、「波ダッシュ」と「全角チルダ」がたいていの環境では同じく「～」と表示されるが、特定の環境では「波ダッシュ」が文字化けするそうです。
更に調べてみると Mac では基本的に「波ダッシュ」に、Windows では基本的に「全角チルダ」に変換されるそうです。
そこで Ubuntu の Mozc で、テキストエディタを使って「～」を入力、保存して GHex で確認したところ、「波ダッシュ」となっていました。
同様に Anthy だと「全角チルダ」となっていました。
UTF-8 である全ファイルの「波ダッシュ」を「全角チルダ」に変換し、今後は Anthy で編集することにしました。
特定環境と思われるので、ここまでしなくても良かったかもしれませんね。